É descoberta uma cura para os mutantes, que agora podem optar por manter seus poderes ou se tornarem seres humanos normais. A descoberta põe em campos opostos Magneto (Ian McKellen), que acredita que esta cura se tornará uma arma contra os mutantes, e os X-Men, liderados pelo professor Charles Xavier (Patrick Stewart).

Ainda vivendo em um mundo que os odeia, os mutantes passam a sofrer uma discriminação ainda maior quando um novo mutante provoca um ataque ao Presidente dos Estados Unidos, quase matando-o. A notícia faz com que a sociedade se manifeste ainda mais contra os mutantes, fazendo com que ganhe força o projeto do registro de mutantes. William Stryker (Brian Cox), um militar que tem experiência em lidar com mutantes e uma ligação com o passado de Wolverine (Hugh Jackman), torna-se um dos porta-vozes deste pedido, além de se tornar o responsável por um plano que tem por meta erradicar de uma vez por todas os mutantes. Com a autorização do Presidente, Stryker inicia uma grande ofensiva contra os mutantes, invadindo a mansão do Professor Charles Xavier (Patrick Stewart) e forçando que Magneto (Ian McKellen), que fugiu da prisão, se una aos X-Men para combater Stryker.

Em um futuro próximo há pessoas que são o próximo degrau na escada evolucionária humana, os mutantes. Dotados de um fator X em sua carga genética, cada mutante desenvolve um tipo diferente de poder e muitas vezes precisam aprender a controlá-lo, pois só se manifesta na adolescência ou mesmo quando se tornam adultos. Os mutantes sofrem um grande preconceito, pois os humanos em geral não entendem os poderes deles e temem que os mutantes, por serem superiores às pessoas comuns, irão perseguir a raça humana. Do lado dos mutantes, o combate a esse preconceito não acontece de modo uniforme. Alguns mutantes, os X-Men, são liderados pelo Professor Xavier (Patrick Stewart), um telepata, e pretendem vencer o preconceito por meios pacíficos, convencendo o público de que humanos e mutantes podem conviver em paz. No entanto a Irmandade dos Mutantes, comandada pelo temível Magneto (Ian McKellen), que pode alterar e modificar a estrutura dos metais, declarou guerra aos humanos, pois está cansado de tanta perseguição e humilhação. O ódio e o medo que os humanos sentem pelos mutantes está à beira do fanatismo, principalmente por causa de uma campanha antimutantes liderada pelo senador Robert Kelly (Bruce Davison). Particularmente dois mutantes serão envolvidos nesta luta: o primeiro é Wolverine (Hugh Jackman) que, dotado de incrível força, não lembra do seu passado; e o segundo éVampira (Anna Paquim), uma jovem que absorve toda a força vital de qualquer pessoa que ela toque, sendo que se o contato for um pouco prolongado esta pessoa morrerá. Estes dois mutantes são disputados pela Irmandade dos Mutantes e pelos X-Men, pois cada facção quer fortalecer seu lado. A diferença é que Xavier quer os mutantes para também ajudá-los a compreender e controlar seus poderes, enquanto Magneto precisa dos dois, Vampira em especial, para levar a cabo o plano de atingir os líderes mundiais, que pretendem decidir o futuro dos mutantes na Ilha de Ellis, Nova York.

SINOPSE
Ace Ventura (Jim Carrey) é um detetive especializado em desvendar crimes envolvendo animais. Vive cercado de bichos, mas não tem muito trabalho. O desaparecimento de um golfinho, mascote da equipe de futebol americano Miami Dolphins, aparentemente seqüestrado, torna-se seu primeiro grande caso.
Atrapalhado como é, Ace conduz a investigação de uma maneira bem peculiar.

Os Autobots, liderados por Optimus Prime (Peter Cullen), participam de missões secretas ao lado dos humanos, onde tentam exterminar os Decepticons existentes no planeta. Um dia Optimus descobre que os humanos lhe esconderam algo ocorrido no lado oculto da Lua. Trata-se da queda de uma espaçonave vinda de Cyberton, comandada por Sentinel Prime (Leonard Nimoy), que desencadeou a corrida espacial entre Estados Unidos e União Soviética na década de 60. Os Autobots resolvem ir à Lua para resgatar o antigo líder, além das cápsulas que ainda estão no local. Paralelamente, Sam Witwicky (Shia LaBeouf) vive com sua nova namorada, Carly (Rosie Huntington-Whiteley), e está à procura de emprego. Ele sente-se diminuído, já que salvou o planeta duas vezes e ganhou uma medalha do presidente Barack Obama, mas nada disto parece ajudá-lo a se estabelecer no mercado de trabalho. Para piorar, Carly ganha bem e é assediada pelo chefe, o bilionário Dylan Gould (Patrick Dempsey). Pouco depois de enfim conseguir emprego, Sam recebe uma mensagem de Jerry (Ken Jeong), que trabalha no mesmo lugar. Jerry trabalhou na NASA durante a corrida espacial e agora é chantageado pelos Decepticons, que o matam. O fato faz com que Sam procure mais uma vez os Autobots, mas apesar de seus feitos do passado ele encontra resistência da nova comandante, Marissa Faireborn (Frances McDormand).